Dado que la capilla del convento del Colegio de Santa Bárbara se estaba quedando pequeña, se construyó la iglesia de Santa Bárbara como nueva iglesia para el colegio. En 1855, el cardenal italiano Matteo Gonella puso la primera piedra, consagrada por el papa Pío IX. Tres años mas tarde, la iglesia abrió por primera vez sus puertas a los feligreses.

Los planos del padre jesuita Prosper Coppens, quien diseñó la iglesia, eran inicialmente muy ambiciosos. Por falta de fondos, el arquitecto Frans Steyaert nunca pudo ejecutar los planos en su totalidad.

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