Da die Klosterkapelle des St.-Barbara-Gymnasiums zu klein geworden war, wurde die St.-Barbara-Kirche als neue Gymnasium-Kirche gebaut. Am 24. Mai 1855 legte der italienische Kardinal Matteo Gonelle den von Papst Pius IX. geweihten Grundstein. Im Oktober 1858 wurde die Kirche erstmals für Gläubigen geöffnet.

Pater Jesuit Prosper Coppens, der Designer dieser Kirche, hatte ursprünglich sehr ehrgeizige Pläne. Leider konnte der Architekt Frans Steyaert diese Pläne aus Geldmangel nie vollständig erledigen. Zum Beispiel fehlt der Kirche an der Kreuzung eine Bronzekuppel. Man musste sich also mit einer flachen Verarbeitung des Kuppelgewölbes zufrieden geben. Auch die zur Verfügung gestellte Skulptur, die mehr Relief verschaffen sollte, wurde weggelassen. Nach den Plänen hatte die Fassade auch eine andere Aussicht; an beiden Ecken der Kirche wurden anmutige Türme gezeichnet.

Um mehr Verarbeitung zu erreichen, wurden 1901 drei Skulpturen auf den Giebel gestellt, um den Glauben, die Hoffnung und die Liebe darzustellen. Die Ausschmückungen wurden später entfernt, wahrscheinlich weil sie baufällig geworden waren. 

Seit der Entweihung der Kirche im Jahr 2012 wird das Gebäude kaum noch genutzt. 2016 wurde die Erarbeitung eines neuen Ziels für die St.-Barbara-Kirche in Autrag gegeben. Außerdem muss das Exterieur dieses geschützten Denkmals gründlich restauriert werden.