Het varen is op Gentse binnenwateren overal toegelaten, maar varen in de (toeristische) binnenstad wordt afgeraden omwille van de beroepsvaart (stadsrondvaarten) die er plaatsvindt. Er zijn bovendien heel wat alternatieve vaartrajecten mogelijk, buiten het stadscentrum. Ook varen op de Lieve wordt afgeraden omdat deze waterweg te smal en onveilig is. Enkel de beroepsvaart, m.a.w. alleen stadsrondvaartboten, varen op de Lieve. Vlotten worden liever niet gezien op de Gentse binnenwateren.
Varen mag met niet-gemotoriseerde vaartuigen (kano, roeibootjes,...) zolang de signalisatie dit toelaat.
Aan de Hoofdbrug (aan het Gravensteen) hangt een bord waarop staat dat doorvaren voor gemotoriseerd scheepvaartverkeer verboden is, met uitzondering van de beroepsvaart. Er mogen dus geen particuliere gemotoriseerde vaartuigen voorbij deze brug varen. Er mag aan het Gravensteen ook niet aangemeerd worden.
Met de hand voortbewogen vaartuigen mogen overal varen, maar dit wordt afgeraden omwille van de smalle waterweg en brugjes. Bovendien horen de stadsrondvaartboten de kano’s, kajak’s of andere niet-gemotoriseerde vaartuigen niet aanvaren, wat tot gevaarlijke situaties kan leiden. Het is dus niet verboden maar het wordt wel ten zeerste afgeraden.
Indien je wil varen met een gemotoriseerd vaartuig, moet je contact opnemen met de Scheepvaartpolitie.
Zowel de boot als de schipper moeten aan een aantal voorwaarden voldoen.
Voor de wateren buiten Gent moet je contact opnemen met De Vlaamse Waterweg.